在实验室里工作的涅被像镰刀一样的东西袭击，身体产生了异变。
涅突然像疯了似的，没有缘由地乱敲试验装置的操作盘。
於是，一瞬间瀞灵廷被灵子云所覆盖，死神们都准备去联络涅。
当剑八冲进涅的实验室时，发生了巨大的灵子爆炸。 然后，瀞灵廷被破坏了。
露琪亚惊愕地在远处发现了瀞灵廷被破坏，在她面前出现了某个影子。
那个影子向露琪亚斩下镰刀，露琪亚的身体（心）之中像是有什麼东西消失了……
同时，现世中感觉到异变的一护去找浦原。一护从浦原那裏听到了「瀞灵廷被破坏」的消息，便和魂一同去尸魂界。
在崩坏的净灵廷中等待著一护的，是消除了和一护相关记忆的恋次等人。不仅仅是一护的事情，连露琪亚的事情都消失了。
在死神面前虚化的一护，被当成了破坏净灵廷的犯人追杀……。
尸魂界里到底发生了什麼？
谜之两个黑影的真实身份是？
露琪亚去了哪里？
一护孤独的战斗开始了……。
《死神剧场版：黑色褪去 呼唤君之名》的上映日期是2008-12-13。 《死神剧场版：黑色褪去 呼唤君之名》的别名有：死神 剧场版3 黑色褪去 呼唤君之名。
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